केंद्र सरकार ने सुप्रीम कोर्ट से कहा है कि राज्य सरकारें, जहां हिंदू या अन्य समुदायों की संख्या कम है, उन्हें अपने क्षेत्र में अल्पसंख्यक समुदाय घोषित कर सकती है। अल्पसंख्यक मामलों के मंत्रालय ने एक हलफनामे में कहा : "यह प्रस्तुत किया जाता है कि राज्य सरकारें उस राज्य के भीतर एक धार्मिक या भाषाई समुदाय को अल्पसंख्यक समुदाय के रूप में घोषित कर सकती हैं। उदाहरण के लिए, महाराष्ट्र सरकार ने यहूदियों को अल्पसंख्यक के रूप में अधिसूचित किया है। महाराष्ट्र राज्य के भीतर समुदाय।"इसने यह भी कहा कि कर्नाटक सरकार ने राज्य के भीतर उर्दू, तेलुगू, तमिल, मलयालम, मराठी, तुलु, लमानी, हिंदी, कोंकणी और गुजराती भाषाओं को अल्पसंख्यक भाषाओं के रूप में अधिसूचित किया है। हलफनामे में कहा गया है, "इसके अलावा, राज्य भी उक्त राज्य के नियमों के अनुसार संस्थानों को अल्पसंख्यक संस्थान के रूप में प्रमाणित कर सकते हैं।"मंत्रालय ने हालांकि भाजपा नेता और अधिवक्ता अश्विनी कुमार उपाध्याय द्वारा एक जनहित याचिका में लगाए गए आरोपों पर कहा कि यहूदी, बहावी और हिंदू धर्म के अनुयायी, जो लद्दाख, मिजोरम, लक्षद्वीप, कश्मीर, नागालैंड, मेघालय, अरुणाचल प्रदेश, पंजाब में अल्पसंख्यक हैं और मणिपुर, अपनी पसंद के संस्थानों की स्थापना और प्रशासन नहीं कर सकते, यह सही नहीं है।
""यह प्रस्तुत किया गया है कि यहूदी धर्म के अनुयायी घोषित करने जैसे मामले .. हिंदू धर्म, जो लद्दाख, मिजोरम, लक्षद्वीप, कश्मीर, नागालैंड, मेघालय, अरुणाचल प्रदेश, पंजाब और मणिपुर में अल्पसंख्यक हैं, अपने शैक्षणिक संस्थानों की स्थापना और प्रशासन कर सकते हैं। उक्त राज्य में चुनाव और राज्य स्तर पर अल्पसंख्यक की पहचान के लिए दिशा-निर्देश निर्धारित करने पर संबंधित राज्य सरकार द्वारा विचार किया जा सकता है।"हलफनामे में कहा गया है कि केंद्र सरकार ने 29 अक्टूबर, 2004 को धार्मिक और भाषाई अल्पसंख्यकों के लिए एक राष्ट्रीय आयोग का गठन करने का संकल्प लिया और आयोग के संदर्भ की शर्ते धार्मिक और भाषाई अल्पसंख्यकों के बीच सामाजिक और आर्थिक रूप से पिछड़े वर्गो की पहचान के लिए मानदंड सुझाने के लिए थीं। अल्पसंख्यक मामलों के मंत्रालय की स्थापना सकारात्मक कार्रवाई और समावेशी विकास के माध्यम से अल्पसंख्यकों की सामाजिक आर्थिक स्थिति में सुधार के लिए की गई थी ताकि प्रत्येक नागरिक को एक जीवंत राष्ट्र के निर्माण में सक्रिय रूप से भाग लेने का समान अवसर मिले।