स्थानीय मुसलमानों और कश्मीरी पंडितों के बीच छिटपुट तनाव स्थानीय राजा सुल्तान सिकंदर शाह के शासन से जुड़ा है, जिन्होंने 1389 से 1413 तक शासन किया था। उन्हें 'सिकंदर, द आइकोनोक्लास्ट' (मूर्ति पूजा विरोधी) के नाम से जाना जाता था। स्थानीय हिंदुओं के प्रति उनकी असहिष्णुता उन्मत्त थी। वह मंदिरों को नष्ट कर देता था और हिंदू समुदाय पर कर लगाता था। उस समय हर कोई सुल्तान के ऐसे जुल्मों के के बारे में सुनकर हिल जाते थे। उसने शराब, उत्सव और संगीत से परहेज किया। दावा किया जाता है कि सिकंदर की एक दर्दनाक मौत हुई थी, ऐसा प्रतीत होता है कि अप्रैल 1413 में एलिफेंटियासिस से उसकी मौत हुई थी। उसकी मृत्यु के बाद, सिकंदर के सबसे बड़े बेटे, मीर का सुल्तान के रूप में अभिषेक किया गया, जिसने अली शाह की उपाधि धारण की। दो साल बाद, शादी खान मीर का उत्तराधिकारी बना, जिसे जैन-उल-अबिदीन नाम दिया गया। वह अब तक के कश्मीर के सबसे उदार सुल्तान कहलाते हैं। उन्होंने सिकंदर द्वारा नष्ट किए गए सभी मंदिरों को पुनस्र्थापित किया और स्थानीय हिंदुओं का जिस भी तरह से वह कर सकता था, उनका पुनर्वास किया। इस उदारता और सहनशीलता ने उन्हें 'बादशाह' की उपाधि दिलाई। आधुनिक समय में, राज्य के डोगरा महाराजाओं द्वारा बाद के प्रशासनिक संरक्षण को लेकर स्थानीय मुसलमानों और हिंदुओं के बीच छिटपुट रूप से तनाव पैदा होता रहा।
दो समुदायों के बीच उन छिटपुट झड़पों के दौरान कभी भी 'कश्मीरियत' की भावना गायब नहीं हुई। स्थानीय मुसलमानों का विशाल बहुमत स्थानीय हिंदुओं के प्रति सहिष्णु और सम्मानजनक था, क्योंकि उन्हें अपने मुस्लिम भाइयों की तुलना में अधिक शिक्षित और सांसारिक बुद्धिमान के रूप में देखा जाता था। 1984 में, जब दिवंगत शेख अब्दुल्ला के दामाद जी. एम. शाह मुख्यमंत्री बने तो दक्षिण कश्मीर के इलाकों से स्थानीय पंडितों का पलायन हुआ। शाह को व्यक्तिगत रूप से अपने पूर्ववर्तियों या उत्तराधिकारियों की तुलना में कश्मीरियत के विचार के प्रति कम मिलनसार देखा गया। भारत सरकार ने 1984 में अल्पसंख्यक पंडितों के घाटी से पलायन को रोकने के लिए हस्तक्षेप किया। असहिष्णुता के बीज बो दिये गये थे। असहिष्णुता के झटके और इस्लाम की स्ट्रेटजैकेट अवधारणा के दावे दक्षिण कश्मीर से उठे और घाटी के अन्य हिस्सों में तेजी से फैल गए। धर्म की इस असहिष्णु खोज का पहला दावा तब सामने आया जब दक्षिण कश्मीर मीरवाइज, अनंतनाग के काजी निसार ने शुक्रवार की नमाज के दौरान घोषणा करते हुए कहा कि मुसलमानों को रविवार के बजाय शुक्रवार को साप्ताहिक अवकाश मनाना चाहिए। उन्होंने गोहत्या और गोमांस की बिक्री पर आधिकारिक प्रतिबंध के खिलाफ भी बात की और कहा कि मुसलमानों के लिए गोजातीय जानवरों को खाने की धार्मिक अनुमति है।
जब अलगाववादी हिंसा चरम पर थी, काजी निसार को वर्चस्व के लिए उनकी आंतरिक लड़ाई के परिणामस्वरूप 1995 में आतंकवादियों द्वारा मार दिया गया था। स्थानीय लड़कों का पहला समूह, जिन्होंने पाकिस्तान के कब्जे वाले कश्मीर (पीओके) में प्रशिक्षण प्राप्त किया था और वहां से हथियार लाए थे, उनमें हामिद शेख, अशफाक मजीद वानी, जावेद मीर और यासीन मलिक शामिल थे। उन्होंने स्वतंत्र, धर्मनिरपेक्ष कश्मीर के प्रति निष्ठा का दावा किया और खुद को जेकेएलएफ के नेता के तौर पर बताया। यह भाग्य की विडंबना है कि कश्मीरी पंडितों के कसाई, बिट्टा कराटे, जिसने स्वयं इस बात की स्वीकारोक्ति करते हुए दावा किया था कि मारे गए पंडितों में से उसने दो दर्जन से अधिक लोगों की हत्या की थी। वह बिट्टा कराटे भी जेकेएलएफ का ही सदस्य था। स्थानीय भाजपा नेता टीका लाल टपलू और जेकेएलएफ के संस्थापक मकबूल बट को मौत की सजा सुनाने वाले न्यायाधीश नीलकंठ गंजू की हत्या को भी जेकेएलएफ द्वारा रची गई साजिश का ही हिस्सा माना जाता है। कश्मीरी पंडितों की हत्या कश्मीर के 'स्वतंत्रता सेनानियों' की ओर से बंदूक चलाने का एक छिपा हुआ एजेंडा था। जब स्थानीय जमात-ए-इस्लामी की सशस्त्र शाखा हिजबुल मुजाहिदीन (एचएम) ने केंद्र में कदम रखा, तो कश्मीरी पंडितों की हत्या 'जिहाद' (पवित्र युद्ध) का एक महत्वपूर्ण हिस्सा बन गई।
एचएम ने एक सार्वजनिक बयान जारी किया, जिसे 1990 में स्थानीय समाचार पत्रों द्वारा प्रमुखता से प्रकाशित किया गया था, जिसमें कहा गया था कि स्थानीय पंडितों को घाटी छोड़ देनी चाहिए या फिर उन्हें गंभीर परिणाम भुगतने होंगे। प्रत्येक कश्मीरी पंडित पर उग्रवादियों द्वारा भारतीय खुफिया एजेंसियों का एजेंट होने का दावा किया गया था। इस तरह से कहा जा सकता है कि यदि आप एक खुफिया एजेंट नहीं होते, तो आप आरएसएस के एक कार्यकर्ता के रूप में मारे जाते। टीका लाल टपलू को मारने का दावा करते हुए, बिट्टा कराटे ने कबूल किया था कि उन्हें इसलिए मारा गया, क्योंकि टपलू आरएसएस का सदस्य था। पुलिस, बैंकों, सार्वजनिक वितरण विभाग, स्वास्थ्य, दूरसंचार, शिक्षा आदि क्षेत्र में काम करने वाले स्थानीय पंडितों को उग्रवादियों ने मार डाला, चाहे वे किसी भी संगठन के रहे हों। निहत्थे, निर्दोष पंडित तो आतंकवादियों की गोलियों का शिकार होना पड़ा। जनवरी और फरवरी 1990 में निकाले गए 'आजादी' के जुलूस मूल रूप से अल्पसंख्यक हिंदुओं को घाटी से भगाने के लिए थे। 'आजादी' के लिए कोरस जितना हिंदुओं के खिलाफ था, उतना ही वह पाकिस्तान को 'कश्मीर के उपकार' के रूप में भी था। सांप्रदायिक माहौल बिगड़ने के बीच पंडितों के पास एक स्पष्ट विकल्प था, या तो घाटी छोड़ दो या नष्ट हो जाओ। बेशक एक और विकल्प था: धर्म परिवर्तन करो और बहुमत के साथ विलय करो, हिंदुस्तान के लिए अपना धर्म छोड़ दो। स्थानीय हिंदुओं द्वारा ट्रक, बसों, टैक्सियों, निजी कारों और यहां तक कि दोपहिया वाहनों का इस्तेमाल 'स्वतंत्रता सेनानियों' के क्रोध से बचने के लिए किया गया था, जो कश्मीरियत के खिलाफ 'जिहाद' के सैनिकों के अलावा और कुछ नहीं थे।
एक स्पष्ट संकेत है कि सहिष्णुता, सह-अस्तित्व, अपने अलग-अलग धार्मिक विश्वास के बावजूद साथी मनुष्यों के लिए करुणा और कश्मीर के गौरवशाली अतीत में निहित एक साझा आम संस्कृति तब अतीत की बात रह गई थी। समुदाय विशेष के गुस्से को स्थानीय कश्मीरी पंडितों ने पा लिया था। धमकी देना, हत्या करना, उनकी संपत्ति हड़पना विद्रोहियों का पसंदीदा शगल बन गया था। सरकार लाचारी से नरसंहार देख रही थी। वास्तव में, सामूहिक पलायन जो 1990 की शुरुआत में शुरू हुआ था, जब बंदूकधारियों के नेतृत्व में जुलूस एक इस्लामिक राज्य की स्थापना की बात करते थे, जिसमें स्थानीय पंडितों के पास तब तक कोई जगह नहीं थी जब तक कि वे परिवर्तित नहीं हो जाते, सरकार द्वारा अनदेखा कर दिया गया था। जैसे ही चीजें नियंत्रण से बाहर हो गईं, सरकार ने पंडित समुदाय के पलायन को सुविधाजनक बनाने के लिए कर्फ्यू लगा दिया। जब लगभग 5 लाख कश्मीरी पंडित पलायन कर गए, तो उनके घरों में ज्यादातर जगहों पर बाथरूम की फिटिंग तक लूट ली गई। पीछे छोड़ी गई जमीनों पर उन्हीं पड़ोसियों का कब्जा था, जो सब कुछ ठीक होने और उनके वापस लौटने तक उनकी देखभाल करने का दावा कर रहे थे। यह एक बहुत बड़ा निहित स्वार्थ बन गया, निचले स्तर पर सरकारी नौकरियां स्थानीय मुसलमानों को दी गईं। पंडितों के स्वामित्व वाले व्यवसायों को स्थानीय मुसलमानों ने अपने कब्जे में ले लिया और चाहे वे इसका इरादा रखते हों या नहीं, स्थानीय मुसलमानों और पंडितों के हितों को एक दूसरे के उद्देश्य से देखा जाता था। जमीनी स्थिति और राज्य के अधिकार के पूर्ण पतन को देखते हुए, स्थानीय हिंदुओं ने कश्मीर को एक असहाय, उत्पीड़ित समुदाय के रूप में छोड़ दिया, जिसके सदस्य अपने ही देश में शरणार्थी बनने के लिए अभिशप्त रहे हैं।