सुप्रीम कोर्ट ने बुधवार को उत्तर प्रदेश सरकार के वकील को लखीमपुर खीरी हिंसा मामले में गवाहों की सुरक्षा सुनिश्चित करने के लिए कहा और किसानों के परिवार के सदस्यों द्वारा आशीष मिश्रा की कार द्वारा दायर एक याचिका की जांच करने के लिए सहमति व्यक्त की, जिसमें इलाहाबाद हाई कोर्ट से उन्हें जमानत दी गई थी। पीठ ने कहा कि वह इस मामले में नोटिस जारी करेगी। मिश्रा केंद्रीय मंत्री और भाजपा सांसद अजय कुमार मिश्रा के बेटे हैं। परिवार के सदस्यों का प्रतिनिधित्व करने वाले वरिष्ठ अधिवक्ता दुष्यंत दवे ने मुख्य न्यायाधीश एनवी रमना की अध्यक्षता वाली पीठ के समक्ष प्रस्तुत किया कि 10 मार्च को मामले में एक संरक्षित गवाह पर हमला किया गया था और राज्य सरकार ने मिश्रा को दी गई जमानत को चुनौती देने के लिए अपील दायर नहीं की थी। मुख्य न्यायाधीश ने उत्तर प्रदेश सरकार के वकील से कहा, "यह क्या है? एक विशेष उल्लेख है कि एक गवाह पर हमला किया गया है। एक विस्तृत जवाबी हलफनामा दर्ज करें।"
मुख्य न्यायाधीश ने जोर देकर कहा कि यूपी सरकार को यह सुनिश्चित करना चाहिए कि मामले में गवाहों की सुरक्षा हो। शुरूआत में, दवे ने मिश्रा को इस घटना से जोड़ने के लिए पर्याप्त सामग्री होने के बावजूद, उच्च न्यायालय के आदेश की आलोचना की, जिसमें मिश्रा को जमानत दी गई थी। न्यायमूर्ति सूर्यकांत और न्यायमूर्ति हेमा कोहली की पीठ ने मामले की अगली सुनवाई 24 मार्च को निर्धारित की। 15 मार्च को, सुप्रीम कोर्ट ने कहा कि एक पीठ का गठन किया जाएगा, जिसने पहले मामले की सुनवाई की और मामले की सुनवाई बुधवार को निर्धारित की। कुछ किसानों का प्रतिनिधित्व कर रहे अधिवक्ता प्रशांत भूषण ने कहा कि इस मामले के मुख्य गवाहों में से एक पर हमला हुआ है। भूषण ने दावा किया कि गवाह पर हमला करने वाले लोगों ने यह कहकर धमकी दी कि अब जब भाजपा जीत गई है, तो वे उसकी देखभाल करेंगे। उन्होंने प्रस्तुत किया था कि अन्य सह-आरोपी भी उच्च न्यायालय के आदेश के आधार पर जमानत मांग रहे हैं।
फरवरी में, उच्च न्यायालय की एकल-न्यायाधीश पीठ ने मिश्रा को जमानत दे दी थी, जिन्होंने चार महीने हिरासत में बिताए थे। याचिका में कहा गया है कि परिवार के सदस्यों को शीर्ष अदालत का रुख करने के लिए मजबूर होना पड़ा क्योंकि उत्तर प्रदेश मिश्रा को दी गई जमानत को चुनौती देने वाली अपील दायर करने में विफल रहा है। दलील में तर्क दिया गया कि उच्च न्यायालय ने अपराध की जघन्य प्रकृति पर विचार किए बिना और आरोप पत्र में आरोपी के खिलाफ भारी सबूतों की पृष्ठभूमि में जमानत दी। याचिका में आगे तर्क दिया गया कि आरोपी द्वारा गवाहों के साथ छेड़छाड़ करने और न्याय में बाधा उत्पन्न करने की संभावना है। पिछले साल नवंबर में, सुप्रीम कोर्ट ने लखीमपुर खीरी हिंसा जांच की निगरानी के लिए पंजाब और हरियाणा उच्च न्यायालय के पूर्व न्यायाधीश, न्यायमूर्ति राकेश कुमार जैन को नियुक्त किया था। शीर्ष अदालत ने आईपीएस अधिकारी एस.बी. शिराडकर, इसके प्रमुख के रूप में घटना की जांच कर रही एसआईटी का पुनर्गठन भी किया।