अल कायदा मुख्य रूप से पाकिस्तान के पूर्व संघीय प्रशासित जनजातीय क्षेत्रों (एफएटीए) और कराची के साथ-साथ अफगानिस्तान से संचालित हो रहा है। एफएटीए को अब खैबर पख्तूनख्वा प्रांत में शामिल किया गया है। यूएस कांग्रेसनल रिसर्च सर्विस (सीआरएस) की एक रिपोर्ट से यह खुलासा हुआ है। रिपोर्ट में कहा गया है कि अमेरिकी अधिकारियों ने पाकिस्तान को कई सशस्त्र, गैर-सरकारी आतंकवादी समूहों के लिए संचालन और / या लक्ष्य के आधार के रूप में पहचाना है, जिनमें से कुछ 1980 के दशक से मौजूद हैं। इसमें कहा गया है कि कई पर्यवेक्षकों ने पिछले महीने अफगानिस्तान में तालिबान के कब्जे के मद्देनजर क्षेत्रीय आतंकवाद और उग्रवाद के पुनरुत्थान की भविष्यवाणी की है। पाकिस्तान में स्थित सूचीबद्ध 15 समूहों में से 12 को अमेरिकी कानून के तहत विदेशी आतंकवादी संगठन (एफटीओ) के रूप में नामित किया गया है और अधिकांश इस्लामी चरमपंथी विचारधारा से प्रभावित हैं। सीआरएस ने कहा कि भारत और कश्मीर उन्मुख आतंकवादियों के बीच, लश्कर-ए-तैयबा (एलईटी) का गठन 1980 के दशक के अंत में पाकिस्तान में हुआ था और 2001 में इसे एफटीओ के रूप में नामित किया गया था। हाफिज सईद के नेतृत्व में और पाकिस्तान के पंजाब प्रांत और पाकिस्तान के कब्जे वाले कश्मीर (पीओके) दोनों में स्थित, इसे हाल ही में धर्मार्थ जमात-उद-दावा के रूप में पेश किया गया है। लश्कर-ए-तैयबा मुंबई में 2008 के बड़े हमलों के साथ-साथ कई अन्य हाई-प्रोफाइल हमलों के लिए जिम्मेदार है। जैश-ए-मोहम्मद (जेईएम) की स्थापना 2000 में कश्मीरी आतंकवादी नेता मसूद अजहर द्वारा की गई थी और इसे 2001 में एफटीटो के रूप में नामित किया गया था।
एनईटी के साथ, यह कई अन्य के अलावा, भारतीय संसद पर 2001 के हमले के लिए जिम्मेदार था। पंजाब और पीओके दोनों में स्थित, जेईएम के कई सौ सशस्त्र समर्थक भारत, अफगानिस्तान और पाकिस्तान में काम करते हैं। जेईएम ने भी अमेरिका के खिलाफ खुले तौर पर युद्ध की घोषणा की है। हरकत-उल जिहाद इस्लामी (हूजी) का गठन 1980 में अफगानिस्तान में सोवियत सेना से लड़ने के लिए किया गया था और इसे 2010 में एफटीओ के रूप में नामित किया गया था। 1989 के बाद इसने भारत की ओर अपने प्रयासों को पुनर्निर्देशित किया, हालांकि इसने अफगान तालिबान को लड़ाके भी उपलब्ध कराएं। एक अज्ञात ताकत के साथ, हूजी आज अफगानिस्तान, पाकिस्तान, बांग्लादेश और भारत में काम कर रहा है। हरकत उल-मुजाहिदीन (एचयूएम) को 1997 में एफटीओ के रूप में नामित किया गया था और यह मुख्य रूप से पीओके और कुछ पाकिस्तानी शहरों से संचालित होता है। यह 1999 में एक भारतीय विमान के अपहरण के लिए जिम्मेदार था। हिज्ब-उल मुजाहिदीन (एचएम) का गठन 1989 में कथित तौर पर पाकिस्तान के सबसे बड़े इस्लामी राजनीतिक दल के आतंकवादी विंग के रूप में किया गया था और 2017 में एक एफटीओ के रूप में नामित किया गया था।
हालांकि कश्मीर आधारित, समूह के पास पाकिस्तान में धन के प्रमुख स्रोत हैं। यूएस स्टेट डिपार्टमेंट की कंट्री रिपोर्ट्स ऑन टेररिज्म 2019 (जून 2020 में जारी) के अनुसार, पाकिस्तान ने कुछ क्षेत्रीय रूप से केंद्रित आतंकवादी समूहों के लिए एक सुरक्षित पनाहगाह के रूप में काम करना जारी रखा है, और अपने क्षेत्र से संचालित करने के लिए अफगानिस्तान को लक्षित करने वाले समूहों के साथ-साथ भारत को लक्षित करने वाले समूहों को भी अनुमति दी है। विभाग ने आतंकवाद के वित्तपोषण का मुकाबला करने और कश्मीर में 2019 की शुरुआत में आतंकवादी हमले के बाद कुछ भारत-केंद्रित आतंकवादी समूहों को रोकने के लिए पाकिस्तान सरकार द्वारा उठाए गए मामूली कदम का उल्लेख किया। हालांकि, यह मूल्यांकन किया गया कि इस्लामाबाद ने अभी तक भारत- और अफगानिस्तान-केंद्रित आतंकवादियों के खिलाफ निर्णायक कार्रवाई नहीं की है और आतंकवाद का मुकाबला करने के लिए 2015 की राष्ट्रीय कार्य योजना के सबसे कठिन पहलुओं पर प्रगति अधूरी है। 'आतंकवादी सुरक्षित पनाहगाह' के विषय पर, विभाग ने निष्कर्ष निकाला कि पाकिस्तान की सरकार और सेना ने पूरे देश में आतंकवादी सुरक्षित पनाहगाहों के संबंध में असंगत रूप से काम किया। अधिकारियों ने कुछ आतंकवादी समूहों और व्यक्तियों को देश में खुले तौर पर काम करने से रोकने के लिए पर्याप्त कार्रवाई नहीं की।